Varpėnai est un village dans Municipalité du district de Jonava, dans Apskritis de Kaunas, en Lituanie. Varpėnai se situe à 91 m d'altitude. Sa population est de 9 habitants. La grande ville la plus proche est Jonava, à 5,0 km au sud-est. Parmi les sites touristiques alentour : Neuvième Fort (31 km), Musée national d'art Mikalojus-Konstantinas-Čiurlionis (33 km) et Open-Air Museum of Lithuania (28 km). Parmi les sites naturels : Vainiai poplar (2,2 km).